MEMS（Micro-Electro-Mechanical System，微电子机械系统）属多学科交叉领域，并汇集了当今科学技术发展的许多尖端成果。东南大学依托电子科学与工程学院电子科学与技术学科（国家重点学科、双一流建设学科、最近一轮学科评估与北大、清华并列为A），并结合工程力学、机械、材料、物理等相关优势学科，组建了MEMS研究机构。1999年申请建立MEMS教育部重点实验室，2000年通过教育部可行性论证，2001年通过教育部验收，2002年、2007年、2012年和2018年先后顺利通过教育部评估。
实验室现有包括教育部CJ学者特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者、QianRen、IEEE Fellow在内的教授/研究员21人、副教授/副研究员21人、讲师4人、工程技术人员4人，一批学者在国内外学术组织或专业机构担任要职。实验室是国家211工程、985工程重点建设部门，拥有具备国际先进水平的研究设施。近3年，实验室先后承担了国家重点研发计划、国家973计划、国家重大科研仪器研制、国家自然科学基金重点项目、教育部及地方政府等一大批重大科研项目，并取得一系列原创性重大成果。近3年，作为第一获奖单位，先后获国家科技进步二等奖1项、教育部技术发明一等奖1项、江苏省科学技术一等奖1项，在Nature Materials、Nature Nanotechnology、IEEE等刊物发表论文300余篇。实验室聘请了包括中国工程院院士在内的一批国内知名专家担任学术委员会委员，学术氛围浓厚，国际交流活跃，邀请诺贝奖获得者、美国工程院院士等国际知名学者来实验室讲学或交流。
实验室面向国际科技前沿和国家重大战略需求，经过近二十年的建设和发展，目前已成为本领域在国际上具有较大影响的科研机构，并形成以下五个主要研究方向：
1.CMOS MEMS
面向设计、制造、封装与可靠性等共性技术，以芯片上气象站为典型代表，开展CMOS MEMS设计、开发及应用研究，并进行产品应用推广。
2.MEMS CAD
针对MEMS设计方法和MEMS工艺线的需求，开展硅基MEMS加工工艺模型与模拟、系统级设计方法与在线测试结构设计等方面研究。
3.RF MEMS和MEMS封装与可靠性
面向MEMS在国防领域的应用，开展了RF MEMS开关、微波传感器、磁场传感器等器件及其可靠性与封装等方面研究。
4.NEMS
针对NEMS领域，开展原子制造与操控、原位动态表征及新原理器件等方面研究。
5.新兴MEMS
